Początkowo siostry pod przewodnictwem Katarzyny Gemboszewskiej (siostry Klary) działały jako stowarzyszenie przy zakonie franciszkańskim. Prymas Maciej Łubieński w 1643 r. zatwierdził fundację klasztoru klarysek chęcińskich. Poczatkowo konwent rozwijał się przy kościele św. Marii Magdaleny, ufundowanym przez burmistrza i miejskich rajców. Był to trzeci z kolei kościół zbudowany w obrębie murów miejskich, w pobliżu bramy miejskiej, przy ul. Niemieckiej. Ksiądz Paulewicz pisał, że mieszczanie ufundowali kościół, chcąc „zamanifestować swoją zamożność i znaczenie” – dwie starsze chęcińskie świątynie powstały bowiem z fundacji władców Polski, ta miała być pierwszą zbudowaną z pieniędzy „zwykłych” ludzi. Przy tej samej ulicy, w bezpośredniej bliskości kościoła, w pierwszych latach XVII stulecia zbudował swój dom Kacper Fodyga – wójt, murator i rzeźbiarz. Schodząc bezpotomnie z tego świata, polecił „aby jego dom przekazano na cele pobożne” – odnotował ks. Paulewicz. Jego bratanek, ks. Henryk Fodyga, wypełnił ostatnia wolę stryja i przekazał budynek klaryskom, sprowadzonym tu z Gniezna. W okresie reformacji farę i kościół franciszkanów przejęli innowiercy. W zaistniałej sytuacji kościółek św. Marii Magdaleny przekazano proboszczowi szpitalnemu. Jako szpitalny służył około stu lat, do czasu oddania go klaryskom, co nastąpiło w roku 1673. Szpitalny proboszcz przeniósł się do św. Ducha, a klaryski pod wodzą nowej ksieni, Teresy Bidzińskiej, córki chęcińskiego starosty, przystąpiły do rozbudowy kościoła. Po zakończeniu prac kościół został na nowo konsekrowany przez biskupa laodycejskiego, a zarazem krakowskiego sufragana, Mikołaja Oborskiego.
Zespół klasztorny klarysek w Chęcinach składa się z orientowanego kościoła i - stanowiącego jego przedłużenie ku wschodowi - budynku klasztornego. Oba obiekty tworzą południową pierzeję ulicy Małogoskiej. Z pozostałych trzech stron klasztor otacza wysoki mur, w którego obrębie oprócz ogrodu, znajduje się obszerny spichlerz. Klasztor tworzą dwa prostokątne budynki, obecnie całkowicie pozbawione cech stylowych. Po obu stronach korytarza znajdują się klasztorne pomieszczenia, część sklepionych, reszta - w tym także refektarz - nakryta płaskimi stropami. Północna elewacja klasztoru, w zasadzie najbardziej reprezentacyjna, poza dość prostymi obramieniami okien jest niemal ascetycznie skromna.
Kościół jest budowlą wczesnobarokową. Składa się z dwuprzęsłowej nawy z półkolistą absydą prezbiterialną (zapewne z XVI stulecia) i nowszej części zachodniej (powstałej po roku 1673), także dwuprzęsłowej, z chórem zakonnym na piętrze. Przy prezbiterium, od południa i wschodu, znajdują się: przedsionek, zakrystia i składzik. Przy nawie znajduje się wąska, prostokątna kaplica. Zachodnia elewacja jest bardzo skromna, zwieńczona trójkątnie – ożywiają ja tylko lizeny i nisze. Na osi znajduje się portal, a nad nim okno.
Dawny dom Fodygi rozbudował starosta Stefan Bidziński, łącząc w ten sposób klasztor z kościołem w jeden kompleks budynków. Klasztor palił się w roku 1700 i 1731. Gruntownej przebudowie zabudowania uległy w XIX w. Klaryskom służyły do początków XX-tego stulecia. Carskie władze zabroniły przyjmowania nowicjuszek, doprowadzając w ten sposób do „wymarcia” zakonu. Klasztor przez blisko 30 lat stał pusty, aż do roku 1930, kiedy przybyły tu z klasztoru św. Michała Archanioła z Wilna (fundacji książąt Sapiehów z 1596 r.) bernardynki, zajmując zarówno klasztor jak i kościół.